Tendría que crear tantos FileReader como ficheros quieras leer.
Me parece un buen ejemplo para explicar en Línea de Código. Te avisamos cuando lo podamos publicar.

Es decir, deseo seleccionar varios archivos *.java para contar las lineas al mismo tiempo, no de un archivo a la vez.

Perdona, no entiendo muy bien la pregunta. Si tienes un arreglo con los datos, simplemente tendrás que volcar el índice de dicha posición en el array.

Por ejemplo puedes volcar todas las posiciones de un array:

char array[];
array = new char[10];

for (int x=0;x<array.length;x++) {
    System.out.println (array[x]);
}

Y también puedes ver el manual java sobre arrays
http://www.manualweb.net/java/arrays-en-java/

Gracias eso del hashMap era lo que necesitaba… otra cosa? se que java no permite sobrecarga de operadores. pero como haria para mostrar cuantas veces se repite una palabra determinada?

suponiendo que la palabra hola se repitio 1000 veces,

quisiera hacer algo como: System.out.print(arreglo["hola"])
la salida seria 1000

que me sugieren usar???

Puedes contar las ocurrencias de cada palabra como indicábamos en
http://lineadecodigo.com/java/numero-de-ocurrencias-en-un-array/

Si te atascas puedes preguntar en nuestro foro de Java File:
http://www.dudasprogramacion.com/forum/java-file

Yo me pondré manos a la obra a ver si lo podemos publicar en la web.

Alguna idea de como puedo hacer eso????????????

Les agradeceria si alguien me puede ayudar.
saludos.